國民黨頑固派步步緊逼,不斷製造磨擦。習仲勳帶領關中軍民,堅持有禮有利有節的反磨擦鬥爭,保護魯師等師生搬遷,解決一般群眾家中遇到的難事。大生產運動中,又因地制宜,積極組織民眾運鹽,促成關中分區邊幣流通循序漸進,發展經濟。1942年7月,習仲勳離開了工作六年的關中分區,奉調前往延安。1942年秋,西北局高幹會議討論陝北錯誤「肅反」問題,習仲勳在會上大膽發言,指出「左」的錯誤給黨的發展造成了巨大危害。