關原之戰後35年，日本在變遷的時代中逐漸恢復和平。然而，某天突現可怕的怪物——“群凶”，它們襲擊人類，以血肉為食。幕府秘密派遣討伐隊剿滅群凶，並將相關地域焚毀掩蓋真相。

　　遠離紛亂的多胡宿，曾是忍者的凜（木村文乃 飾）隱姓埋名，作為醫生源三郎（高橋克實 飾）的助手，與無血緣關係的養女時（田牧空 飾）平靜生活。某日，為了獲取治愈時病症的藥，凜遠行至某村，卻發現那裡血跡斑斑、屍骨遍地，恐怖異形的群凶襲來。這一刻，她的悲痛往事浮現腦海。

為了保護如親生女兒般珍貴的時，凜踏上了一場生死未卜的旅程。與此同時，一個仍保有人類意識，卻變成“半群凶”的男子士郎（田中樹 飾）被世人厭惡幽禁。他苦於不知自身來歷，為了解開身世之謎，踏上了尋找某人的旅程……

群凶

隱藏著忍者過去的阿凜（木村文乃飾），作為醫生源三郎（高橋克實飾）的助手，與沒有血緣關係的女兒朱鹮（田牧空飾）一起過著和平的生活。有一天，為了得到治療朱鹮病的藥，小凜和源三郎去了遙遠的岡田村。

但是在那裡，兩人被可怕的怪物襲擊了。那是吃人的活屍“群凶”……。另一方面，神秘男子·士郎（田中樹飾）來到遊郭，向遊女坦白自己的出身……。

氾濫

被力士群凶襲擊而走投無路的阿凜他們被劍術高手十兵衛（山本耕史飾）救了出來。阿凜和源三郎買了藥，與主動請命的十兵衛一起趕往朱鹮等待的多胡宿。

另一方面，保持著人類意識卻變成群凶的男人士郎也帶著某個目的前往多胡宿。此時，阿凜的母親，忍者首領冰雨（富田靖子飾）正在以群凶他們的出現為契機，謀劃著什麼……。

復仇

朱鹮被變成群凶的兵藤（高橋光臣）襲擊。士郎在困境中出現了。另一方面，受德川之命的十兵衛和秀郎（西村拓哉飾）逮捕了源三郎。

之後，阿凜與與士郎在一起的朱鹮再會，為了救出被捕的源三郎，與十兵衛率領的討伐眾對峙。此外，帶著忍者集團的冰雨也出現在多胡宿……。在各自的思緒交錯中，意想不到的悲劇襲向阿凜——。

贖罪

撕裂凜與朱鹮的羈絆，殘酷的命運。失去生存的勇氣，被關進辰村監獄的阿凜，遇到了被女囚雲雀（佐藤江梨子飾）騷擾的櫻（穗志萌香飾）。

在辰村，學者千也（室龍太飾）正在開發與群凶相關的藥物，這也導致阿凜等人遭受慘劇。另一方面，奉柳生宗矩（矢島健一飾）之命被降職到辰村的十兵衛，從秀郎那裡得到了意想不到的報告。

對峙

為了追尋士郎的行踪，阿凜來到了櫻花的故鄉墓里村。但是士郎已經離開後，從隱藏的天主教老婆婆末枝（濱田麻里飾）那裡得知了朱鹮復活的事實。

阿凜照顧生病的櫻的兒子勘太，得到墓里村人們的信賴……。另一方面，被帶到江戶城的士郎從牢獄中逃脫，與有血緣關係的家光邂逅。十兵衛和家光知道了德川家安寧背後隱藏的可怕真相。

生殺

木村文乃與田中樹主演！以被稱為“群凶”的謎樣怪物蔓延的鎖國前夜的日本為舞台展開的歷史奇觀×本格生存驚悚片！

家光命令十兵衛殺掉士郎。另一方面，阿凜與朱鹮重逢，卻被想利用朱鹮做生意的冰雨拐走了。決定與朱鹮一同前往異國的士郎，以及遵從家光之命率領討伐眾的十兵衛。為了拯救朱鹮，阿凜下定決心再次與冰雨對峙。群凶們在蠢蠢欲動中，各自展開死鬥……。在壯烈戰鬥的盡頭，凜和士郎所選擇的生存之道是……。