在第二季中，那須田步（岡田 飾）和九鬼靜（中井 飾）這對搭檔，在“工作方式改革”的浪潮席捲下，降臨到了越來越混亂的日本醫療界。除了醫生的短缺，醫生和護士的加班時間也受到很大的限制，在不斷縮小的生命現場，挑戰新的戰鬥。

步和靜這次受僱於長期擔任地區醫療核心的主幹醫院「西東京綜合醫院」。該院前院長的腐敗被發現後，標榜“正確的醫療，正確的工作方式”的“乾淨年輕的有領袖魅力的新院長”，著手以工作方式改革為中心的組織變革，不斷推進任務共享、勤務管理的徹底、醫療的可視化。但這位新院長就是「本季最大的敵人」。不久，步&靜與新院長對立起來。                         

第1集

2022年，在紐約的一家醫院裡，身患絕症的超級護士九鬼靜（中井貴一）成功做了手術，之後便與那須田步（岡田將生）留在當地工作。自那時起過了兩年，回到日本的那須田步前往他新的工作地點，西東京綜合醫院。在途中發生了一件事。

那須田步在路過一家飯糰店時，突然有一位態度蠻橫的客人，大田黑勝一（內藤剛志）吐出了血痰並倒下。那須田步立刻進行了緊急處理，將大田黑送往西東京綜合醫院。然而，恢復意識的大田黑依然態度蠻橫的要求道“把我送到特別病房！”，這讓神山直彥（風間俊介）等外科醫生們感到為難。

因為實際上大田黑直到上個月為止還是該醫院的院長。由於瀆職和賄賂行為接連曝光，他被迫辭職。根據醫院的合規管理原則，無法對這樣的人進行特殊對待——致力於推行乾淨的組織改革的年輕有魅力的新院長藥師丸卓（山崎育三郎），將大田黑安排到了離島的分院。大田黑雖然憤怒並明確表示了抵抗，但最終還是被趕出了醫院。

另一方面，那須田步偶然與九鬼靜實現了兩年來的再次重逢。然而，就在此時，前往分院的大田黑再次倒下……！