距離2021年播出的《鹿角男孩》第一季有近兩年的時間，在第二季的劇情第1集，大概用了近半集的時長，主要講述了混種人孩子們為何會置身牢籠，他們之前經歷了什麼，是什麼力量把他們囚禁，以此喚起觀眾對於第一季劇集內容的記憶，並慢慢進入接下來的故事發展。

而第二季的劇情主線並不複雜，主要是被囚禁的孩子們想盡一切辦法想要重獲自由，而他們在牢籠之外的家人、夥伴、朋友們，則試圖闖進牢籠解救他們，而劇中的反面角色繼續試圖利用孩子們研發疫病解藥，並防止他們出逃。在主線故事敘述中，劇集鋪設了關於混種人孩子更多的身世秘密和特殊之處，為第三季的故事推進設置伏筆。

囚禁

隨著新一輪致命的疾疫逼近，蓋斯（和混種人同伴們被艾伯特將軍和最後的男子囚禁。

米勒博士在被冰封的英國皇家海軍的西普森號上發現了詹姆斯泰克醫生的筆記，與此同時，格斯與動物園的半人們被關在了水磊房。辛格醫生用「秘製醬料」製作了暫時的解藥，並幫妻子打了一針，阿波特將軍要求辛格不眠不休地找出真正的解藥，而在他不在的期間，由他的弟弟強尼暫時擔任領袖。

溫蒂與格斯偷偷跑了出去並透過對講機告訴媽媽他們被關的所在位置以及羅伊被抓的事情，緊接著就被強尼給發現抓回了牢房。格斯再一次被辛格醫生叫了過去，辛格想透過與格斯交談了解關於病毒的更多情報，於是與格斯達成協議，只要格斯全力配合，他會盡他所能的保證不傷害其他半人小孩。

貝琪終於與小鳥，也就是米勒博士聯絡上，米勒告訴貝琪她留了一段話在「綠蔭森林」的錄音帶裡，並警告他要趕緊離去，果不其然，在貝琪好不容易找到錄音帶後，「最後人類」們已經來到面前，茱蒂決定犧牲自己讓貝琪有時間逃跑。在格斯一行半人當晚的飼料餐點中，出現了之前的狗娃娃，溫蒂還在上面聞到媽媽的味道，半人小孩們雀躍不已，因為這讓他們知道兩人目前在一起，更準備要拯救他們。

踏進森林深處

傑普在昏迷中夢到了當初加入最後人類組織的原因，原來他是在找他的半人孩子與妻子，醒來後的傑普知道自己被艾米所救，艾米希望他能幫助自己拯救被抓住的半人小孩，然而傑普卻認為直接進去保護區太危險，他要用自己的方式來救格斯。

就在這時兩人聽到了溫蒂與格斯透過對講機傳來的聲音，得知羅伊被抓的艾米頓時著急了起來，顧不得原本午夜才行動的計畫，直接就冒充成士兵混進了動物園，然而他的行動馬上就引起了其中一名士兵浩克的懷疑，好在傑普及時趕到，兩人一起制伏了浩克。

兩人製造的聲響很快就引起了其他士兵的注意，傑普決定暫時撤煺，並將狗狗玩偶塞進了飼料袋裡，一起從他們不知道的隧道逃離，回到了卡車所在地，但卡車卻拋錨了。為了修卡車，傑普與艾米耽誤了不少時間，直到被無人機發現才重新發動卡車，兩人狼狽地逃離了現場，並決定去找傑普的朋友來幫忙。

逃跑成功的貝琪搭上了一輛便車，而辛格醫生再次找來了格斯，並讓他待在放滿紫花的房間，因為這種花會讓半人產生幻覺，辛格醫生想讓格斯透過這種方式想起他小時候的記憶，看見了還活著的父親，以及從沒見過面的母親，並且說出了本劇最關鍵的午夜太陽計劃以及史密斯堡。

先有雞還是先有蛋

貝琪在搭便車時認識的年輕人喬丹打算投靠最後人類，並表示自己的父親是被動物軍團所殺，傑普與艾米來到了工廠鎮，傑普本打算找希奇兄弟八人組幫忙，沒想到他們早已因為染疫而過世，艾米決定打電話尋求曾經在保護區時合作過的人幫忙。

阿波特帶著大部隊正巧也來到了工廠鎮，為了向大眾宣稱自己已經研發出解藥，並現場為一名患者施打，果然患者打完沒多久小拇指就不抖了，眾人見狀興奮不已，然而那瓶解藥其實只能暫時舒緩狀況，阿波特帶著那名患者離開，並在離開人們後，當即找個路邊槍決了他。

辛格帶著葛斯在浩克的護送下前往史密斯堡尋找與午夜太陽計畫相關的線索，正當眾人以為一無所獲的時候，突然出現了一隻鱷魚半人並咬傷了浩克，浩克馬上叫來了支援，最後鱷魚半人被麻醉槍射中製伏，辛格與格斯終於發現了午夜太陽計畫所在的實驗室。

透過實驗室中的影像，兩人看見了吉莉與米勒博士的一場說明會，在那裡他抱出了剛誕生的格斯，並透露她們一開始的研究是透過雞來進行，辛格醫生將現場所有的米勒雞都帶了回去，認為若是運氣好的話，應該可以用他的蛋來孕育抗原。

壞人

貝琪為了進入動物園而與喬丹參加了最後人類的徵召，在測驗中表現優異，並接到了上頭的抓捕半人任務，只要能完成任務他就能正式加入。傑普與艾米本想趕在宵禁前離開工廠鎮與人稱空中王的傭兵幫手會合，卻在路上突然被劫上車抓走。

原來劫走傑普與艾米的就是空中王團夥，在總部他們遇到了空中王頭領多莉，艾米請求幫忙突襲保護區以救回半人小孩，多莉表示只有有利可圖他們才會考慮行動，傑普透露戰利品就是最好的報酬，因為最後人類正在那裡囤積物資，各種軍火、藥品、食物甚至是坦克都有。

辛格醫生透過雞的抗原搭配秘製醬料，終於發現了真正能對抗H5G9 病毒的解藥，阿波特得知後馬上拿走了剛調製出來的解藥，並且邀請辛格夫妻參加晚宴慶祝，阿波特表示三巨頭決定採納他的提案，因此要辛格準備之後的簡報。傑普向艾米坦承了自己過去曾參與過圍捕半人的任務，這讓艾米十分生氣，將傑普從接下來的營救行動排除在外，自己與空中王的傭兵們搭上了飛機，傑普於是自己找了一輛車，同時往目的地駛去。

在動物園內，半人小孩們因為格斯隱瞞了羅伊的死而不再信任他，唯獨巴比還是表示自己相信格斯，並在格斯的幫助下鑽入水管，成功逃到外面，士兵們發現了狗狗玩偶，氣憤地衝進來詢問半人小孩們是否有偷熘出去，格斯趁機用鹿角弄傷了士兵然後衝了出去，最後撞到阿波特並跌坐一旁。

不計代價

阿波特將軍拿格斯殺雞儆猴，將他的鹿角鋸掉了一根，驚慌失措的格斯被抓回水磊室，溫蒂安慰格斯說鹿角還會再長出來。貝琪與喬丹來到了疑似半人所藏匿的地點，然而貝琪一眼就看出來這是動物軍團設的陷阱，果然一深入陣地就遇到是曾經的同伴老虎，兩人一同製伏了他。

阿迪正在準備簡報的資料，卻發現曾經成功做出解藥的方式突然失敗了，這讓阿迪崩潰不已，沃斯、妲奇與海倫三巨頭如約來到了動物園，阿迪隱瞞了自己再次嘗試做解藥卻失敗的事情，讓眾人以為解藥已經成功製作，阿波特接著提出了常青社區計畫，希望擁有農業技術的海倫、擁有新鮮水源的妲奇以及擁有風力發電站與太陽能板的沃斯能夠一起加入，食物、能源、淡水缺一不可，但每人只能帶150 名親信進駐。

半人們用計逃脫了牢籠，在逃跑途中，格斯為了引開守衛注意而亂入了會議，並表示解藥是透過殺害半人才得到的，在三巨頭看見格斯後，原本有意加入的想法又起了波瀾，阿波特連忙找上正要回去的海倫，海倫表示自己的家人很多，若要她加入，她需要所有的位子，而沃斯與妲奇的部分，她可以幫忙殲滅他們，話語剛落，部下們已經拿起機關槍開始掃射兩人隨行的隊伍。

傑普為了救出格斯，打算出賣艾米等人的訊息以求能單獨救出格斯，然而卻被突然從地底鑽出的巴比打亂計畫，傑普為了幫助巴比逃跑而被抓了起來，沒想到在被關的地方，傑普終於見到了正在逃跑躲藏的葛斯。

從開始到現在

艾米與空中王的救援行動展開，首先就空頭了一個裝滿紫花的鐵桶到動物園中，阿波特立即下令疏散士兵，並要求弟弟強尼將阿迪夫妻帶到常青，而艾米則趁亂潛入了動物園尋找半人小孩。

強尼告訴阿迪夫妻想要逃跑就要趁現在，而自己身為阿波特的弟弟必須留下來幫助他，拉妮一心想要逃走，告訴阿迪不要再尋求解藥，但阿迪卻覺得他只差臨門一腳，現在逃走頂多自由一個月，但他如果能留下來或許能真正製造出解藥，最終阿迪總算被說服，但在門口卻突然想到格斯才是解藥的關鍵，決定不顧拉妮的勸阻回到實驗室取得米勒博士的研究再走，然而實驗室卻已經因為艾米的縱火而燒毀，等到阿迪再次回到門口，拉妮已經獨自離開。

貝琪與喬丹在押送老虎去動物園的路途中遇上空襲，兵荒馬亂之際喬丹本想先處決老虎，卻被貝琪阻止，這時他才意識到貝琪曾經也是動物軍團的人，貝琪與老虎解開誤會，老虎決定讓貝琪重新帶領大夥兒，一起想辦法將綠蔭森林的錄音帶交到格斯手上。

最後人類與空中王開始交火，接連擊落好幾架飛機，然而阿波特卻感到事情不尋常，撿起了一片紫花查看，才發現原來這是塑膠花，他們中了調虎離山之計，阿波特馬上下令全員趕回動物園。

傑普在格斯的幫忙下撬開了監牢的門鎖，並在逃跑時遇到了正在逃離的半人孩子們，一旁還有最後人類士兵，眾人展開打鬥與追逐，最終傑普等人制伏了士兵，而艾米也找到了留下來尋找格斯的貝蒂，一行人開著大卡車離開，阿波特等人已經來不及阻止，而就在此時，艾米發現自己的小拇指開始抖動起來。

我會找到你

傑普與艾米一行人在路上與重新率領動物軍團的貝琪會合，巴比也在帶空中王的伙伴找到坦克後與他們會合，坦克替傑普的車清空了障礙物，眾人順利地開車抵達黃石公園。

貝琪在前往黃石公園前，讓老虎帶領動物軍團包圍最後人類，打算將他們一網打盡，在車上貝琪將錄音帶交到了格斯手上，並一眼就認出了溫蒂就是他從小失散的妹妹，但她卻不敢相認。

來到黃石公園的眾人開始為了這個家園忙進忙出，而格斯也終於聽了錄音帶的內容，原來裡面錄著的是米勒留給帕爸的訊息，說自己打算前往阿拉斯加尋找拯救世界的方法，而她越不去找他們，他們就越安全。

貝琪一直與老虎保持著通訊，然而動物軍團卻不敵最後人類，阿波特甚至從他們的通訊得知了貝琪等人現在正在黃石公園，在全軍覆沒後老虎拚死琪著摩托車來到了黃石公園，並告訴傑普他們快逃，因為最後人類即將到來。

最後人類的輓歌

心灰意冷的阿迪決定尋死，獨自坐在長滿紫花的隔離室里大口吸氣，很快就暈了過去，與此同時，動物軍團與最後人類在外頭發生激烈的戰鬥，等到大局已定，最後人類撤離並開始往黃石公園前進時，阿迪卻悠悠醒來，並對自己沒有死去感到十分詔異。

得知最後人類即將到來的格斯等人，決定先由貝琪將半人小孩帶到安德森夫妻家暫住，木屋留下的只有格斯、傑普以及艾米，強尼在最後人類抵達黃石公園後用阿波特給自己的手槍試圖阻止阿波特，沒想到手槍根本沒有子彈，阿波特說強尼可以離開，卻在背後開槍親手殺死了強尼。

進入黃石公園的最後人類們一個一個中了格斯三人設好的陷阱，幾乎全軍覆沒，而溫蒂因為擔心艾米的安危獨自跑回木屋，路上被阿波特的得力助手抓住，好險貝琪及時趕到解圍，而在打鬥的過程中，溫蒂看見了貝琪掉落的隨身物品，裡面有她與自己小時候的合照，才發現原來貝琪就是自己的親姊姊。

阿波特闖入了木屋，並與艾米打成一團，艾米表示自己已經染疫，並將病毒都打進了阿波特體內，格斯拿著解藥衝了出去，阿波特拿著獵槍一路緊追，就在阿波特成功壓制格斯，打算一槍了結時，格斯發出了怒吼，緊接著公牛群朝著他們跑來，直接將阿波特撞飛並踩踏而過，但公牛們卻全部繞開了格斯。

臨死前的阿波特射了格斯一箭，這讓臥床養傷的格斯夢到了媽媽米勒在向自己求救，而傑普也聽了錄音帶，貝琪更發現了帕爸留下的童書裡面有關於阿拉斯加的訊息。格斯、貝琪、溫蒂與傑普四人決定再次啟程，目的地則是米勒的所在地 – 阿拉斯加前哨站。