劇情講述1997年南都市謎案的兇手在13年後行蹤復現，當年一直沒有追查到真兇，刑警衛崢嶸備受打擊離開一線，而曾經初出茅廬的新警陸行知已經褪去嫩青澀成為縝密細緻的刑偵能手。13年後案件證據的重重巧合讓這對刑警師徒再次走到了一起，兩人面對疑點抽絲剝繭，合力追緝真兇。

故事的起源是1997年，南都城發生了一起大案。罪犯有一定的反間諜能力，而那個時代的偵破技術有限，導致真兇沒有被抓到。這個神秘的案件持續了13年。類似的重大刑事案件在2010年再次浮出水面，根據兇手在現場留下的痕跡，可以斷定1997年的案件係同一兇手所為。衛崢嶸與陸行知師徒再次聯手追殺。

由於初戀情人白曉芙過世，以及「97案」破案失敗，衛崢嶸退出了刑偵第一線。衛崢嶸（陳建斌飾）在成為刑警之前曾在軍隊當過兵。期間，他以為自己要生大病死了，於是託人給未婚妻白曉芙帶了口信，要她改嫁。白曉芙痛恨衛崢嶸的“自私”，真的隨便嫁誰。後來衛嵥嶸沒死，白曉芙卻嫁了人，於是娶了胡海霞（劉敏濤飾）為妻。

白曉芙的權宜婚姻非常不幸福，離婚後不久就過世了。衛崢嶸的婚姻也因工作過度勞累而破裂。離婚後，前妻病重，他獨自撫養兒子。總的來說，刑警的工作是很辛苦的，刑警家屬確實要付出更多的精力。另外，衛崢嶸和胡海霞之所以分手，並不是因為感情徹底破裂，而是因為胡海霞無法接受衛崢嶸日日夜夜破案。13年前，衛崢嶸因無法破案，無法克服心中的障礙，離開了刑偵第一線。然而，他培養了優秀的刑事偵查專家陸行知（陳曉飾），從菜鳥到獨立。

陸行知為了他的事業比他的老師更努力。剛進刑警隊的時候，看到屍體就想吐，所以他努力適應。由於缺乏實戰經驗，他不僅狂熱地吸取衛崢嶸教給他的教訓，還虛心向身邊的每一個人學習。衛崢嶸雖然退出了前線，但1997年的情況卻是他的心病。徒弟陸行知當了校尉之後，並沒有放棄對這起案件的警戒。陸行知甚至收養了受難者的女兒，並給她取名為陸安寧，寓意生活安寧。

最終，陸安寧查明了陸行知的身份是刑警，看到他就想起了自己死去的親人，生怕陸行知還沒下班就被殺了。為了陸安寧的健康成長，陸行知只好與妻子楊曼離婚，只為讓陸安寧這輩子再也見不到陸行知，讓陸安寧不再每晚做惡夢和失眠。如果說衛崢嶸和初戀白曉芙分手，那是怕耽誤了白曉芙的青春。現在，陸行知和楊滿分居，都是為了養育受害者的孩子。偉大的！