電影《無瑕修女》結局是：嬌弱的瑟希莉亞並沒有太大的能力能反擊神父，她只能設法逃脫，只是被逼到絕境的她，最後殺紅了眼。瑟希莉亞先是諷刺的以十字架釘死了神父，之後逃出修道院，她痛苦生下了孩子，咬斷自己的臍帶，但似乎看到嬰兒的模樣而感到驚恐，於是抓了一塊石頭，將嬰兒砸下。

這個舉動作為結尾，也成了全片最高潮。瑟希莉亞為何如此選擇？嬰兒或許是撒旦樣（哭聲暗示是怪物？），但對於完美無瑕的定義，瑟希莉亞才有主導權。

這個完美的受孕，在病態神父的思維是完美的，但對於瑟希莉亞的想法並非如此，她被控制在這邪惡的計劃中，她必須為自己真正的信仰做些什麼，消滅黑暗的力量。此外，這個舉動也意味著女性的生育自主權，並非由父權想要如何安排來做決定。

《無瑕修女》的故事有批判父權思維、宗教本質思考及女性自主等議題。從少女瑟希莉亞的童年經歷，進而來到修道院成了修女，結果遇到神蹟無性受孕，一旁眾人皆認為這是完美的受孕，如聖母生育耶穌的重現。但終究是一場恐怖的陰謀算計。

原來病態的神父是生殖科學家，他想透過耶穌受難時的十字架釘子提取DNA，藉由修女做為容器（有點像代孕母親），生育繁衍耶穌二世，成了人類新的救世主。這樣瘋狂的計劃，犧牲了不少修女做為實驗，而瑟希莉亞是最接近成功的實驗品。當瑟希莉亞知道真相，她將如何反擊？